Del primitivo monasterio medieval solo queda la iglesia, un interesante ejemplo del románico tardío (S. XIII) que caracteriza gran parte del arte cisterciense de la provincial.

Xunqueira, si bien presenta los rasgos de sencillez atribuidos a la orden cisterciense, no responde exactamente al llamado “Plan Bernardo”; Frente a la planta de cruz latina con cabeceras cuadradas, nos encontramos con una estructura inspirada en la tradición local que como Xunqueira de Ambía o Santa Mariña de Augas Santas opta por planta basilical de tres naves rematadas en tres ábsides semicirculares, el mayor precedido por un tramo recto.

Las huellas del románico tardío, ya casi gótico, se dejan ver tanto en la arquitectura como en la escultura de sus capiteles: respecto a la arquitectura, apunte de los arcos o bóveda ojival del presbítero; por lo que se refiere a la escultura, la sencillez y el esquematismo, característicos del cister, presiden capiteles, altar y pila bautismal. Pero esta sencillez ornamental, en ocasiones, desaparece, devolviendo al espacio de los capiteles su función original, contar historias.

Así pues, junto a los capiteles vegetales, los maestros de Xunqueira nos sorprenden, tanto con iconografías características del románico (Leones versus dragones, abubillas, dragones y sirenas pájaro descritos en los Bestiarios medievales) como con asombrosas y sorprendentes escenas de entre las que destaca el curioso capitel, posiblemente único en el mundo de las murallas del Jerusalén Celeste/Apocalíptico.

La llegada de la Reforma y la adhesión a la Orden de Castilla (mediados del XVI) propicia la renovación, tanto de las infraestructuras, muy arruinadas, como de los interiores que deben adaptarse a nuevas sensibilidades, externas, Tridentina e internas, las propias de la Orden.

Las capillas de los ábsides medievales se cubren con retablos Modernos que resaltan los orígenes del cister con novedosos programas iconográficos en los que, junto con la preeminencia de María, se busca exaltar el monacato occidental.

El primero de los retablos se sitúa en el ábside mayor y tiene en su centro la hermosa talla manierista de la Asunción-Coronación. Flanqueando a María, en el cuerpo inferior, Adoración de pastores y Epifanía (primera teofanía de Jesús encarnado); en el cuerpo superior Presentación en el templo y Circuncisión (aceptación de la Ley mosaica). Corona la calle central la imagen de la Salvación con la escena del Calvario.

El conjunto se completaría con la Lactatio de San Bernardo. María da su leche nutricia, protectora y sanadora al Santo, que obtiene de esta lactancia sagrada los dones del conocimiento y la elocuencia. Esta talla, hoy en proceso de restauración, se retiró en el siglo XVIII para ser sustituida por el actual Expositor de la Custodia, hoy ocupado por la imagen de San Salvador niño, procedente de la desaparecida iglesia del mismo nombre.

A mediados del siglo XVI las estructuras habitacionales del medioevo están completamente arruinadas y la comunidad se vuelca en la construcción y adecuación de las nuevas instalaciones a la época (Trento) y la Orden de Castilla. Se reharán la Sacristía y el Claustro Regular al mismo tiempo que se añade en la cabecera, la Chirola (especie de capilla para reliquias), en los pies, el Coro Alto y en ángulo con la iglesia, Hospedería y Portería. No sabemos quien está al frente de las obras del monasterio pero pensamos que tal vez Simón de Monasterio realice las trazas que ejecutará alguno de los Sierra.

El claustro Regular, por su sencillez y elegancia, se diferencia de cualquier otro claustro gallego, trasladándolos a la Toscana del Renacimiento. Son las dovelas pulidas de los arcos, medio punto y carpaneles, las que le confieren ese aire austero y señorial que lo hace único en Ribeira Sacra. Destaca en los antepechos el curioso sistema solar que en origen comprendía cuatro relojes: dos esféricos mirando al mediodía y dos verticales orientados, uno al naciente y otro al poniente (hoy desparecido). La naturaleza de los relojes era reglar el tiempo de los monjes entre el trabajo, la oración y la lectura.

El segundo grupo de retablos (S. XVII) se sitúa en la mitad del templo. A la derecha María visitando a su prima Santa Isabel, o la primera manifestación del hijo de Dios (según San Lucas, al escuchar Isabel el saludo de María, el niño dio saltos en su vientre e Isabel se sintió llena del Espíritu Santo). A la izquierda la Transfiguración de Cristo que se eleva sobre los Apóstoles en compañía de Moisés y Elias.

Finalmente los retablos barrocos (S. XVIII) que vestirán los ábsides menores buscando la exaltación del monacato occidental en sus dos actores principales: S. Benito de Nursia (redactor de la Regla que se impondrá, a partir del siglo X, en los monasterios occidentales) y S. Bernardo, reformador y pilar del Cister. Actualmente los retablos están desprovistos de sus imágenes originales y para reconstruir el programa iconográfico Bernardo debemos dirigirnos al retablo, también barroco, del muro norte. En él nos encontramos, en el centro, la potente talla de S. Benito escoltado, a la derecha, por Santa Escolástica, su hermana, y a la izquierda Santa Humbelina, hermana de S. Bernardo.

La Hospedería y la Portería serán las últimas obras importantes de la Edad Moderna y deben iniciarse una vez una vez concluido el Claustro Regular, entre mediados del XVII y comienzos del XVIII. El claustro de la Portería u Hospedería es una estructura que se erige ex novo pues, en el período medieval, las hospederías estaban fuera de los muros del monasterio y los cenobios sólo contaban con el templo y el Claustro Reglar.

Será en la Edad Moderna cuando las nuevas dependencias, destinadas tanto a huéspedes como a avituallamiento de la comunidad, se incorporen al nuevo monasterio que se comunicará con el exterior a través de la Portería. En este último espacio, Portería, destaca su bóveda de casetones, interesante obra que, por sus similitudes con Montederramo, parece haber sido ejecutada por el mismo equipo que el monasterio vecino. Cierra el monasterio la puerta de entrada donde destaca, sobre el muro norte, el escudo de la Congregación de Castilla que preside la entrada al monasterio.

A comienzos de marzo del año 1800, tal vez como consecuencia del terremoto de Lisboa, se caen la fachada y el campanario medievales. Entre 1801-1802 se levantará la nueva fachada y si bien le hastial responde a los cánones clasicistas del Neoclásico, la torre de las campanas se inspirará en los pasados modelos barrocos.